Hubo muy poco apoyo institucional a la vida espiritual de algunas «colonias» japonesas. Las primeras actividades estaban asociadas con el reverendo Tomojiro Ibaragi (de la escuela honmon butsuryū-shū) que, según los archivos de la sede central, formaba parte de la primera ola de inmigrantes japoneses y, en 1936, se hizo un nombre como fundador del templo Taissenji en Lins, la primera institución oficial budista en Brasil. Durante la primera fase del budismo brasileño se construyeron otros dos templos butsuryū-shū, el Nissenji de Presidente Prudente (1940) y el Ryushoji de Mogi das Cruzes (1941). Por último, hay que mencionar un suceso de distinta naturaleza en este contexto: la fundación de la Sociedad Budista de Brasil por parte del teósofo Lourenço Borges en 1923. Como la primera asociación diseñada específicamente para el budismo occidental, la institución anticipó tendencias que caracterizaron periodos posteriores. En este sentido, es paradigmático que la Sociedad Budista de Brasil (Sociedade Budista do Brasil) en su forma original se cerrara después de unos meses, pero renaciera en su forma actual en 1967 bajo circunstancias distintas.

Los primeros años del segundo periodo de la historia del budismo en Brasil (desde después de la Segunda Guerra Mundial hasta mediados de la década de 1960) estuvieron marcados por la intención de la mayoría de los japoneses de acabar con la «inmigración experimental» y quedarse en Brasil para siempre. Como consecuencia de esto, se estableció una serie de instituciones budistas. Honmon butsuryū-shū expandió su red de templos brasileños a Taubaté (1949), Londrina (1950) en el estado federal de São Paulo e Itaguaí (1950), en el estado federal de Rio de Janeiro, e inauguró su sede central brasileña en la ciudad de São Paulo (1962). En la primera mitad de la década de 1950, tendai-shū y la rama otani de jōdo shinshū inauguraron sus primeros templos, la rama honpa de jōdo shinshū fundó su sede nacional y las sectas jōdo, zen, nichiren y shingon anunciaron el inicio oficial de sus misiones en Brasil. En 1958, la Federação das Seitas Budistas no Brasil se estableció como organización paraguas del budismo japonés.

La tercera fase del budismo en Brasil estuvo marcada por un aumento del interés de los círculos intelectuales por el budismo japonés, especialmente el soto zen. Estas dinámicas empezaron a articularse en São Paulo, pero no se limitaron a esa ciudad, como demuestran tendencias similares, aunque algo posteriores, en Brasilia. Se dan tres elementos esenciales para esta nueva tendencia. En primer lugar, hay que tener en cuenta la repercusión de una idea positiva de Oriente y, en concreto, de Japón, construida por los primeros escritos de filósofos, novelistas, poetas e historiadores brasileños que trabajaron en ella desde sus áreas respectivas empujados por el entusiasmo por lo exótico, un interés romántico por Oriente o una curiosidad intelectual por una parte del mundo relativamente desconocida por el público. Así, el trabajo de autores como Fagundes Varela (1841-1875), Machado de Assis (1839-1908) Raimundo Correia (1859-1911), Aluísio de Azevedo (1857-1913), Farias Brito (1862-1917), Alexandre Marcos Konder (1904 -1953) o Lourival Nobre de Almeida (1906-1981) sentó las bases para un imagen favorable que resistió incluso el creciente resentimiento de la población brasileña contra los inmigrantes asiáticos antes y durante la Segunda Guerra Mundial.

Un segundo factor fue el conocimiento cada vez mayor del budismo zen gracias a artículos en periódicos y libros, incluido Introducción al zen, de Suzuki, cuya versión en portugués se publicó por primera vez en Brasil en 1961. En tercer lugar, está el rol catalizador del templo soto zen Busshinji en São Paulo, que en aquella época empezó a mostrar una mayor apertura al público general brasileño. La figura clave en el bando de soto zen fue Rosen Takashina Roshi. En 1961, Rosen Takashina Roshi empezó a organizar reuniones públicas de zazen en el Busshinji. A partir de 1971 se empezaron a celebrar periódicamente sesshins de tres o cuatro días en el templo. No existe información detallada sobre la composición del grupo de primeros occidentales practicantes, pero, al menos, hay algunos brasileños que no llevaban en secreto su pasión por el budismo y que se citan habitualmente en publicaciones importantes. La lista contiene a personalidades brasileñas como el escritor Nelson Coelho, la poeta Orides Fontela (1940-1998), la médico Maria das Dores Pereira da Silva, la psiquiatra Nise da Silveira y el profesor universitario Eduardo Basto de Albuquerque.

La cuarta fase, caracterizada por la creciente emancipación del zen del contexto étnico japonés, así como por la multiplicación y diversificación sustancial de instituciones frecuentadas principalmente por budistas conversos, empezó a mediados de la década de 1970. Como sucedió en otros países occidentales, este desarrollo se benefició de ideas espirituales del movimiento contracultural y de un número creciente de publicaciones sobre religiones orientales. En muchos casos, el público brasileño entró en contacto con ideas relevantes mediante la traducción de libros del inglés al portugués.

Una figura decisiva para las manifestaciones sociológicas de estas tendencias en el contexto del budismo en Brasil es Ryotan Tokuda, otro representante oficial del soto zen enviado a Brasil por esta orden en 1968. Empezó su trabajo en Busshinji, pero pronto se mostró insatisfecho con el conservadurismo de la mayoría de los templos. En 1974 estableció, con un grupo de conversos brasileños, el centro de retiros Morro da Vargem en Ibiraçu, en el estado federal de Espírito Santo. Más tarde, Cristiano Bitti, un antiguo participante en los encuentros de zazen y sesshins «abiertos» en São Paulo, se convirtió en una importante figura para Morro da Vargem. Durante la década de 1970 y principios de la de 1980 llevó a cabo una preparación monástica soto de larga duración en Japón. De vuelta en Brasil, se convirtió en el líder de Morro da Vargem y sigue ocupando esa posición hoy en día.

En 1984, Tojuda inauguró una segunda institución, el centro de retiro Pico de Raios en Ouro Preto, en el estado federal de Minas Gerais. Escribe Cristina Rocha: «Siguiendo con su trabajo misionero entre los brasileños no japoneses, en 1993, Tokuda fundó el centro zen de Planalto, en Brasilia, la capital federal. El año siguiente, Tokuda y otros practicantes brasileños fundaron el centro zen de Río de Janeiro. En 1998, Tokuda estableció el monasterio Serra do Trovão en el estado de Minas Gerais. Este monasterio se estableció exclusivamente para la formación de nuevos monjes, y organiza dos retiros de siete días cada mes».

Otra figura clave de la cuarta fase del budismo brasileño fue Roshi Moriyama, que se comprometió con la expansión del zen en la costa oeste de Norteamérica antes de ir a Brasil. Como Tokuda, Moriyama empezó su trabajo espiritual en Busshinji. Más tarde tuvo que dejar el templo debido a incompatibilidades entre su enfoque «globalizado» del zen y las actitudes conservadoras de la jerarquía del templo. De este cisma surgieron dos centros zen «modernistas» en Porto Alegre, en el estado de Rio Grande do Sul.

Paralelamente a las tendencias innovadoras en el sector zen, el soka gakkai empezó a crecer y pasó de ser una pequeña minoría de unos 150 miembros de origen japonés en la década de 1960 a expandirse geográficamente y, probablemente, en los últimos tiempos convertirse en la rama budista numéricamente más significativa, con una gran proporción de miembros sin orígenes étnicos asiáticos.

Otra tendencia constitutiva del cuarto periodo del budismo en Brasil consiste en la expansión y creciente atracción por el budismo tibetano. En 1988, los seguidores de Tarthang Tulku inauguraron en São Paulo la primera institución budista tibetana en Brasil: el Tarthang Tulku Nyingma Center. Poco después, discípulos del monje Gelugpa Lama Gangchen fundaron el Centro de Dharma Shi De Choe Tsog, también en São Paulo.